Nadační fond Autismu, první český Nadační fond, který se cele zabývá tématem autismu, se otevřeně distancuje od společností Centra Terapie Autismu a od metody O.T.A. Nadační fond Autismu cítí potřebu se vymezit, vzhledem k tomu, že v minulosti poskytl uvedené organizaci ve spolupráci s partnery finanční dary, což by mohlo vzbudit zdání, že považuje současné směřování společnosti a její metody a programy za kvalitní. Nadační fond Autismu podpořil činnost organizace v jejích počátcích, kdy nebylo známo nic o metodě O.T.A. a organizace se neprezentovala sebe ani autismus způsobem, jakým jej prezentuje dnes.
Nadační fond Autismu považuje vývoj situace okolo Centra Terapie Autismu a ohledně metody O.T.A. za politováníhodný.
Nadační fond Autismu děkuje za upozornění rodinám, které byly dříve klienty organizací Centra Terapie Autismu za jejich zkušenosti a upozornění na stávající stav.